目前高通量测序可以有效评估胃部微生物群的含量,但在临床上很难实现。研究人员希望可以寻找一个在血清层面试验的方法,来评估胃部微生物群的含量。
韩国汉阳大学医学院近日在PLOS ONE杂志上发表文章,研究通过幽门螺杆菌抗体和胃蛋白酶原的检测来预测胃部微生物群的含量。其中在胃部黏膜组织DNA提取中,使用法国Bertin的Precellys研磨器,良好的研磨效果助力接下来的测序及微生物群的分析。
研究人员评估了两种相对含量与胃癌相关的细菌(亚硝酸细菌和IV型分泌系统蛋白基因产生菌T4SS)与血清标记物(幽门螺杆菌抗体HP,胃蛋白酶原PG)的关系。
DNA提取方法:样品:胃部研磨组织;Precellys24研磨仪;研磨条件为转速6500rpm,研磨90s,研磨珠为0.1mm的锆珠;提取的DNA样品用无DNA酶水溶,之后用DNA纯化试剂盒(QIAGEN)纯化,-80℃保存。
经过16S rRNA基因测序分析微生物含量的变化,结果如图1、图2所示:
图一中A-D四张结果分别为不同浓度胃蛋白酶原PG与两种细菌的关系图,其中随着PG浓度水平下降,细菌的含量上升;
图2中A-D四个结果分别不同浓度胃蛋白酶原PG与两种细菌的关系,其中分别有HP抗体阳性、HP抗体阴性以及未确定的三组细菌含量的比较;HP抗体阴性的两种细菌含量明显高于HP抗体阳性;同时随着PG含量的下降,细菌含量上升。
法国Bertin公司研磨器Precellys因其高效的研磨效率,安全的研磨性能,可以有效助力胃部或肠道微生物的研究。此外,与Precellys搭配的Cryolys制冷系统可以快速降温,保证在研磨的同时准确控制研磨腔室温度稳定在0-10℃,为RNA和蛋白质的提取保驾护航。